با پایان یافتن مرحله نهایی پلی‌آف لیگ دسته سوم باشگاه‌های کشور و مشخص شدن چهارمین تیم صعودکننده به لیگ دسته دوم باشگاه‌های کشور، 28 تیم حاضر در فصل جدید این رقابت‌ها مشخص شد.

* اسامی 28 تیم حاضر در فصل جدید رقابت‌های لیگ دسته دوم باشگاه‌های کشور به شرح زیر است:

1. خیبر خرم‌آباد

2. فولادنوین اهواز

3. شهیدقندی یزد

4. شهرداری همدان

5. مس نوین کرمان

6. میلادمهر تهران

7. آوالان کامیاران

8. شمس آذرقزوین

9. اترک بجنورد

10. امید گناوه

11. پاس همدان

12. شهرداری بندر ماهشهر

13. مس شهر بابک

14. شهرداری بندرعباس

15. شهرداری بم

16. نفت و گاز گچساران

17. نفت امیدیه

18. شهدای بابلسر

19. ملی حفاری اهواز

20. سردار بوکان

21. ایرانجوان بوشهر

* تیم‌های سقوط‌کننده از لیگ دسته اول فصل 99-98:

22. سپیدرود رشت

23. نیروی زمینی تهران

24. علم و ادب تبریز

* تیم‌های صعودکننده از لیگ دسته سوم فصل 99-98:

25. ویستا توربین تهران

26. محتشم تبریز

27. شاهین بندرعامری بوشهر

28. عقاب تهران